Épisode 1
L'équipe recherche un homme dont la fille a disparu quelques années auparavant et se demande si son désir d'aider un autre couple à retrouver leur fils n'est pas d'une manière ou d'une autre liée. Pendant ce temps, Jack s'adapte, à contrecœur, à son nouveau patron...
Épisode 2
Sara Kent, une jeune femme travaillant pour le compte d'une entreprise de mode, a été enlevée dans un taxi alors qu'elle rentrait d'une fête organisée sur un toit de Manhattan. Toute l'équipe se met à sa recherche...
Épisode 3
Un homme, accusé d'avoir commis des délits financiers, doit aller témoigner contre son ancien acolyte. Mais il disparaît avant même de pouvoir témoigner... Jack et son équipe sont chargés de l'affaire.
Épisode 4
En enquêtant sur l'inquiétante disparition du fils d'un agent des services secrets, Jack met le doigt sur un secret et découvre les crimes commis...
Épisode 5
Alors que toute l'équipe est amenée à travailler sur une affaire d'enlèvement d'enfant qui a eu lieu en pleine galerie marchande, Martin est contraint de travailler seul sur la disparition d'une avocate conseil pour les victimes.
Épisode 6
En enquêtant sur une directrice de banque qui a été vue pour la dernière fois en train de se disputer avec un homme, l'équipe découvre un sombre secret qui pourrait être lié à sa disparition. Quant à Jack, il peut reprendre la tête du département.
Épisode 7
Un homme devenu paraplégique après un accident deux ans auparavant, est porté disparu. L'enquête aboutit sur des faits inquiétants qui peuvent être le mobile de la disparition.
Épisode 8
Jack et Samantha partent enquêter à Los Angeles où un homme, Rob Simms, a disparu après avoir assisté à un enterrement. Mais les raisons de la disparition sont autres. Durant leurs recherches, Jack et Sam se rapprochent...
Épisode 9
L'équipe du FBI recherche le docteur Erica Loza, qui a disparu après avoir soigné un patient. Les agents se demandent si cela n'aurait pas un rapport avec son passé.
Épisode 10
L'équipe du FBI recherche Ben Kramer, un météorologue d'une chaîne de télévision qui a disparu après avoir saigné au travail.
Épisode 11
L'équipe enquête sur la disparition d'une adolescente qui a été vue pour la dernière fois en compagnie de sa mère. Mais l'affaire devient inquiétante lorsque les agents découvrent que la jeune fille avait une vie secrète. Parallèlement, la relation de Jack et Samantha connaît quelques turbulences.
Épisode 12
L'équipe recherche Eddie Gilroy, le propriétaire d'un bar, qui possède une statue religieuse censée faire des miracles.
Épisode 13
L'équipe recherche Bianca Gonzalez, l'ancienne partenaire d'Elena. Elle a disparu alors qu'elle menait une enquête sous couverture. Au cours des investigations, Elena est forcée de faire face aux répercussions de ses actions passées tout en recherchant son amie.
Épisode 14
L'équipe traque la personne qui a enlevé Julie et Caitlin, deux voisines vivant dans une banlieue calme. L'affaire prend une tournure étonnante lorsque les agents découvrent l'identité du ravisseur.
Épisode 15
Alors qu'ils recherchent un homme qui a été enlevé alors qu'il se faisait passer pour un étudiant, les agents découvrent qu'il avait une fausse identité depuis plusieurs années.
Épisode 16
L'équipe recherche une femme et son bébé, qui ont disparu après avoir assisté à un cours d'auto-défense.
Épisode 17
L'équipe recherche un consultant qui a disparu lors d'un procès et tente de réduire la liste des suspects. Pendant ce temps, Samantha et Jack s'adaptent au fait que Brian passe beaucoup de temps avec Finn.
Épisode 18
Alors qu'ils recherchent un psychologue qui a disparu, les agents découvrent que le frère de la victime a été emprisonné pour viols en série et se demandent si cela a un rapport avec leur affaire. Pendant ce temps, la relation de Martin et Kim prend une tournure plus intime.
Épisode 19
L'équipe ne manque pas de suspects lorsqu'une entremetteuse russe renommée disparaît.
Épisode 20
L'équipe recherche le fils d'un milliardaire. Il a disparu après avoir piloté un petit avion qui s'est écrasé dans les bois.
Épisode 21
L'équipe recherche une journaliste qui a récemment eu une promotion. Elle est passée de la rubrique people à des articles plus profonds pour un magazine en ligne. Au cours de l'enquête, ils se demandent si le sujet de l'un de ses articles n'est pas la raison de la disparition.
Épisode 22
L'équipe recherche une adolescente de 17 ans qui a été vue pour la dernière fois dans une vidéo amateur être psychologiquement harcelée par ses agresseurs.
Épisode 23
Hannah fait part à son père de la disparition inexpliquée de son petit ami, Shay Hanson. Jack accepte à contre-coeur de le rechercher, sachant qu'il a 18 ans et qu'il s'est enfuit de sa maison à Chicago pour être avec elle à New York. Hannah lui affirme que ce n'est pas un garçon méchant...
Épisode 24
L'équipe recherche un homme qui a disparu après une plongée de nuit et essaye de découvrir qui pourrait être responsable de sa disparition. Pendant ce temps, la relation entre Danny et Elena passe à un niveau supérieur.
